O Museu Municipal de Vila Franca de Xira insere-se organicamente no Departamento de Cultura (DC) da Autarquia, na Divisão de Cultura, Museus e Património Histórico (DCMPH).
As duas áreas de ação visam, de uma forma complementar, uma gestão integrada dos recursos patrimoniais concelhios, nas vertentes do património móvel e imóvel.
Tendo como área de intervenção o território concelhio a estrutura da Divisão obedece ao princípio da descentralização e à consequente atuação no território. A estas áreas de ação correspondem em termos funcionais os respetivos serviços – Setor de Património Histórico e Setor de Museus.
Os serviços, estão sedeados fisicamente no Museu Municipal de Vila Franca de Xira, e a sua ação estende-se aos diversos equipamentos museológicos nos diferentes pontos do concelho.